Thèse Mécanismes d'Action de Peptides Antibactériens Etude d'Effets Synergiques en Temps Réel sur Bactéries Vivantes par Microscopie de Fluorescence H/F - 45

Établissement : Université d'Orléans
École doctorale : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV
Laboratoire de recherche : CBM - Centre de Biophysique Moléculaire
Direction de la thèse : Céline LANDON ORCID 0000000202481990
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-24T23:59:59

Depuis plus de 10 ans, l'OMS tire la sonnette d'alarme sur un problème majeur de santé publique, l'Antibiorésistance, avec une estimation de plus de 10M de décès en 2050 (cad plus de décès que de cancer) si on ne développe pas d'alternatives aux moyens actuels [1,3].

Les peptides antimicrobiens (PAMs), molécules clé de l'immunité innée de tous les organismes vivants, représentent aujourd'hui une des alternatives prometteuses [4]. Une première étape essentielle vers l'ingénierie rationnelle de peptides antibactériens hautement efficaces à usage clinique consiste à comprendre en détail le fonctionnement des PAMs optimisés par chaque organisme vivant. De plus, un des moyens pour lutter efficacement contre l'antibiorésistance pourrait être de combiner des composés pour bénéficier de leur effet synergique (utilisation de plus faibles doses, réduction de la résistance)

Nous travaillons donc à la compréhension fine des structures et des mécanismes d'action de certains PAMs originaux prometteurs. Nous développons un protocole d'étude des mécanismes d'action en temps réel sur bactéries E. coli vivantes, par microscopie de fluorescence. Suite à nos 1ers travaux sur la défensine du Manchot Royal [5, 6], nous avons transposé l'expérience au CBM, et commencé à élargir l'étude à d'autres PAMs (Pajovic et al. en prep). Grâce à des sytèmes microfluidiques simples en PDMS, l'expérience est peu consommatrice en peptide, ce qui ouvre l'opportunité d'étudier les synergies PAM/PAM ou PAM/Antibio.

L'objectif de la thèse est d'étudier les effets synergiques de PAMs en combinaison avec d'autres PAMs ou antibiotiques chimiques. Ce travail nécessite le développement de notre protocole actuel de microscopie de fluorescence en temps réel, sur bactéries vivantes (CBM, Orléans) et le développement de systèmes microfluidiques adaptés aux études de synergies (IPGG, Paris) [7].

Le contexte du projet est celui de l'antibiorésistance, enjeu public majeur, avec une estimation de l'OMS de plus de 10M de décès en 2050 (cad plus de décès que de cancer) si on ne développe pas d'alternatives aux moyens actuels

L'objectif de la thèse est d'étudier -en temps réel sur bactéries vivantes- les effets synergiques de peptides antimicrobiens (PAM) en combinaison avec d'autres PAMs ou antibiotiques. Pour cela, des systèmes microfluidiques adaptés aux études d'effets synergiques seront développés.

-Développements méthodologiques en microscopie de fluorescence pour dresser une carte de signatures types d'une série de PAMs de mécanismes variés. CBM.
- Développements, fabrication et tests de systèmes microfluidiques adaptés aux études des effets synergiques. IPGG, Paris.
- Développements du protocole de microscopie de fluorescence pour l'étude d'effets synergiques PAM/PAM ou des PAMs/antibiotiques chimiques. CBM, Orléans.